Từ năm 1948 ông chuyển sang công tác lĩnh vực tài chính giữ chức Ủy viên Ban Tài chính Trung ương Đảng (đến tháng 5/1951).

Từ tháng 6/1951 đến tháng 4/1958, ông công tác tại Ngân hàng Quốc gia Việt Nam, giữ chức Vụ trưởng Vụ Phát hành và Chánh Văn phòng.

Từ tháng 5/1958 đến tháng 1/1963, ông giữ chức vụ Phó Tổng Giám đốc Ngân hàng Quốc gia Việt Nam. Ngày 7 tháng 1 năm 1963, Tạ Hoàng Cơ được bổ nhiệm làm quyền Tổng Giám đốc Ngân hàng nhà nước Việt Nam thay Tổng Giám đốc Lê Viết Lượng. Từ tháng 1/1963 đến tháng 6/1964, ông giữ chức vụ Quyền Tổng Giám đốc Ngân hàng Quốc gia Việt Nam.[1]

Từ tháng 7/1964 đến tháng 10/1974, ông giữ chức Tổng Giám đốc Ngân hàng Quốc gia Việt Nam.[2]

Ông nghỉ hưu ngày 01/11/1977. Sau đó ông mở lại cửa hàng guốc và mất năm 1996 tại Hà Nội.